Organizaciona struktura Zavoda definisana je Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Zavoda za zaštitu zdravlja Sombor. Ovim dokumentom definisane su organizacione jedinice i rukovođenje u Zavodu.

1. Centar za promociju zdravlja, analizu planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite, informatiku i biostatistiku u zdravstvu
   • odsek za promociju zdravlja
   • odsek za analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite
   • odsek za biostatistika
   • odsek za informatiku
2. Centar za kontrolu i prevenciju bolesti
   • odsek za zarazne bolesti
   • odsek za nezarazne bolesti
3. Centar za higijenu i humanu ekologiju
   • odsek higijena i zaštita životne sredine
     • jedinica za komunalnu higijenu
     • jedinica za školsku higijenu
     • jedinica za higijenu ishrane sa savetovalištem za ishranu
     • jedinica za zaštiti životne sredine
   • odsek hemijske laboratorije
     • jedinica za sanitarnu hemiju
     • jedinica za ekotoksikologiju
   • odsek DDD
     • jedinica za dezinfekciju
     • jedinica za dezinsekciju
     • jedinica za deratizaciju
4. Centar za mikrobiologiju
   • odsek sanitarne mikrobiologije
   • odsek kliničke bakteriologije
   • odsek imunoserologije
   • odsek paratizologije sa mikologijom
   • odsek kontrole kvaliteta i pripremanja hranljivih podlga
5. Služba za pravne, ekonomsko-finansijske, tehničke i druge slične poslove
   • odsek za pravne i opšte poslove
     • jedinica za tehničke poslove
   • odsek za ekonomsko-finansijske poslove